Как по мне, это как раз удар по самосознанию - они всегда кичились своей автономностью, а теперь просто будут "часть округа". Без права рот открывать, потому что кто теперь даст им, минуя весь округ? 
Тоже так думаю. Если раньше ругали бояр, но то были "собственные" бояре, пусть и засланные, то теперь вообще не ясно.
Мне тут подумалось, что это может быть тактический шахер-махер. Скажем, с Крымом у нас отношения сильно урезаны, тогда как с Россией — не так. Т.е. теперь возможно заключение какого-то договора, скажем, с какой-нибудь ростовской организацией, которая по факту только по юр. адресу там, а фактически в Крыму. И нашим "крымский федеральный округ" в договорах мозолить не будет.
Надеюсь, что у наших чиновников хватит ума видеть реальную картину.