Я так понимаю, главное опасение с паспортами - что фамилия не такая, как у родителей.
Но тут не должно быть проблем - всё равно какие-н. дополнительные печати и справки должны доказывать, что он ваш ребёнок. У некоторых же бывает вообще вся фамилия другая, и ничего.
Хотя это напрягает. Надо следить постоянно, чтоб такое написание было во всех других доках и на карточках (не обязательно, но желательно, если что случится), а если эмигрировать, то других доков станет больше.
У меня имя неправильно написали. А теперь уж неохота ничего менять.