Каллюс - раневая ткань, образующаяся на месте повреждения.
У разных растений может выглядеть в виде наплывов, наростов, бугорков и т.д.
Вот каллюс на черенке розы (фото из интернета):

Черенок, на котором появилось растущее черное пятно, с вероятностью более 90% не выживет. Это скорее всего грибковое поражение.
От других черенков точно нужно убрать, чтобы остальные не заразились. Если сильно хочется поэкспериментировать, то можно попробовать пересадить, присыпать это место молотой серой и создать для него такую влажность, чтобы не было капельно-жидкой влаги на черенке, но и не слишком сухо было. Например, накрыть пакетом, но оставить несколько отверстий.
Но по опыту скорее всё же не выживет, даже несмотря на корешок.