Если дали микроэлементы, но не помогло, логично предположить, что проблема не в дисбалансе питания.
Желательно деформированную почку посмотреть под микроскопом (если есть под рукой), потом на разрезе посмотреть. Если там какая-то живность есть, то она будет шевелиться. Если грибок, гифы будет видно. Если просто очаговые поражения, то инфекция скорее всего.